Pour les médicaments remboursés, le patient bénéficie de l'intervention de l'INAMI et ne doit donc payer, grâce au régime du tiers-payant, que le ticket modérateur. Le pharmacien avance le montant de l'intervention et se voit rembourser celui-ci par après directement par le biais de la mutuelle, à condition que le patient y soit assuré. Le pharmacien joue ainsi un double rôle essentiel dans le cadre du régime du tiers-payant : d'une part, il contribue à la viabilité du système de santé en assumant le préfinancement des médicaments remboursables qu'il délivre dans sa pharmacie et, d'autre part, il simplifie grandement la vie de ses patients en assurant lui-même toutes les démarches liées au remboursement de leurs médicaments.
Afin de s'assurer que le patient est effectivement couvert par une mutuelle, le pharmacien doit lire sa carte SIS au moins une fois par trimestre. Du moins pour le moment… A partir du 1er janvier 2014, toutes les pharmacies seront obligées d'utiliser le système MyCareNet et l'assurabilité des patients sera contrôlée par le biais de leur carte d'identité électronique. Un nombre croissant de pharmacies utilise déjà ce système.