L'AFMPS résume sa mission fondamentale de façon très synthétique dans son slogan
"Vos médicaments et produits de santé, notre préoccupation." L'AFMPS veille donc, dans l'intérêt de la santé publique, à la qualité, la sécurité et l'efficacité de tous les médicaments (en ce compris les médicaments homéopathiques ou à base de plantes et les préparations magistrales et officinales) et des dispositifs médicaux, depuis leur développement jusqu'à leur utilisation. Les activités de l'AFMPS sont réparties sur trois piliers ou Directions Générales (DG). Les
DG PRE et
DG POST supervisent toutes les activités avant et après la première autorisation de mise sur le marché. La
DG INSPECTION gère toutes les activités liées aux inspections et aux contrôles. Les inspecteurs de l'AFMPS ont pour mission de faire respecter la réglementation pour laquelle l'Agence est compétente (notamment dans le domaine des médicaments et des produits de santé, la répartition des pharmacies et les bonnes pratiques pharmaceutiques officinales).