Pour les médicaments remboursés, la rémunération du pharmacien repose sur trois piliers: une
marge économique destinée à financer les coûts liés à la distribution, un
honoraire de délivrance pour les « soins pharmaceutiques de base » prodigués lors de la délivrance d'un médicament, et des
honoraires spécifiques pour des « services complémentaires ». Etant donné qu'elle se compose à 80% d'honoraires (75% honoraires de délivrance et 5% honoraires spécifiques), la rémunération du pharmacien ne dépend donc quasi plus du
prix des médicaments qu'il délivre.
A l'heure actuelle, il existe deux honoraires spécifiques: un pour l'exécution d'une
prescription en DCI (pour un médicament pour lequel il existe un ou plusieurs génériques) et un pour la délivrance d'un médicament du
chapitre IV*. A partir de 2014, un nouvel honoraire spécifique sera instauré pour les
entretiens d'accompagnement à l'entame d'un traitement de l'asthme nécessitant l'utilisation d'un inhalateur.
* Médicament qui ne peut être remboursé que moyennant l'obtention d'une attestation du médecin conseil.