Bij de terugbetaalde geneesmiddelen steunt de vergoeding voor de apotheker op drie pijlers: een
economische
marge ter financiering van de distributiekosten, een
afleveringshonorarium voor de basis farmaceutische zorg bij de aflevering van een geneesmiddel, en enkele
specifieke
honoraria voor een aantal 'bijkomende diensten'. Omdat ruim 80% van de vergoeding bestaat uit honoraria (75% afleveringshonoraria en 5% specifieke honoraria) is de vergoeding van de apotheker dus nauwelijks nog afhankelijk van de
prijs van de geneesmiddelen die hij aflevert.
Momenteel bestaan er twee specifieke honoraria: één voor het uitvoeren van een
voorschrift op stofnaam (voor een geneesmiddel waarvan een of meerdere generieken bestaan) en één voor het afleveren van een geneesmiddel dat in
Hoofdstuk IV (enkel terugbetaling met attest) is ondergebracht. Uiterlijk vanaf 2014 komt er ook een specifiek honorarium voor een
begeleidinggesprek bij het opstarten van een behandeling met astma-inhalators.